漆(qī )黑的夜晚，一名間諜悄然潛入日本警方某(mǒu )機(jī)構(gòu)，盜走了記載著各(??)國(guó)諜報(bào)機(jī)構(gòu)重要(??)數(shù)據(jù)的絕密文件的絕密數(shù)據(jù)。日本警方和FBI探(tàn )(??)員赤(chì )井秀一（池田秀一 配音）旋即與間諜展開追逐。最后，逃(??)亡(wáng )者(??)的車輛墜落懸崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴(??)們(men )來(lái)到東都水族館觀光，結(jié)果(??)發(fā)現(xiàn)一名(míng )受傷的美麗女(nǚ )子（天海佑希 配音）。該女子處于失憶狀態(tài)，身上的手機(jī)(jī )也破(??)損無(wú)法使用(yòng )?？履系热舜饝?yīng)要幫她恢復(fù)記憶，當(dāng)他們七嘴八舌之際，藏在(zài )暗處的黑衣組織成員貝爾摩德（小山(??)茉美 配音(??)）冷冷(??)地注視著這一切。在相處過程(??)中(zhōng )，女子非凡的身手和奇怪的言行舉止讓(ràng )灰原哀（林原惠美 配音）對(duì)(duì )其真實(shí)身份產(chǎn)生懷疑?！　倓傔€一派(??)祥和的水族館，沉浸在快樂之中的人們，根本(běn )會(huì)想到隨著那名神秘女(nǚ )子技藝的恢復(fù)，自己馬上(??)就要被卷入黑暗(??)組織的(de )殺戮和混(??)亂之中…………